Continuare a jocului iubit de public de acum trei ani, Prototype 2 va aparea in aprilie 2012. Jocul de actiune disponibil pentru single player va continua aventurile in open world incepute cu Alex Mercer, schimband insa personajul principal. De aceasta data, James Heller este omul care se va putea transforma in tot felul de monstri si va lua identitatile oamenilor pe care ii va atinge. James este noul personaj care va incerca sa distruga virusul Blacklight odata pentru totdeauna, el dorind si sa isi razbune familia ucisa in timpul izbucnirii virusului. Jocul va fi disponibil pentru sistemele de operare Microsoft Windows, PlayStation 3 si Xbox 360.Modul de joc Prototype 2 este putin schimbat fata de cel al primului joc. James isi poate asuma identitatile oamenilor pe care ii consuma insa acest lucru necesita mai mult tact acum. Daca jucatorul va intra in pielea unui soldat, oamenii nu vor vrea sa aiba de-a face cu el din cauza a ceea ce s-a intamplat in Yellow Zone in primul joc. Noi sisteme conduse de calculator si posibilitatea de „dodge” a atacului vin in ajutorul jucatorului pentru ca aceasta sa nu fie atacat de prea multi odata si sa nu moara atat de repede. James va putea folosi arme in joc, el putand rupe efectiv arme de pe tanc si tragand cu ele. De asemenea, el va putea transforma oamenii in biobombe in urma injectarii lor cu virulul Blacklight. James este mult mai puternic decat era Alex in primul joc, acesta profitand de o putere mai mare si o rapiditate crescuta. In plus el beneficiaza de simtul sonar si de abilitati vindecatoare.
In Prototype 2 producatorii au adaugat tentacule, pentru a le da jucatorilor mai multa putere. Din mana lui James rasar tentacule care il ajuta in diverse obiective si actiuni precum prinderea de cladiri. Jucatorii pot folosi aceste arme in distrugerea unor obiecte si transformarea lor in altele. De asemenea, inamicii pot fi prinsi in panze de paianjen pentru a deveni vulnerabili la atacuri. Jucatorii isi pot sfasia inamicii in bucati si vor primi putere crescanda de a-si dezmembra dusmanii. Exista o sumedenie de moduri de a-ti distruge inamicii, tocmai de aceea jocul este interzis minorilor pentru ca arata un grad extrem de ridicat de violenta vizuala. Prin folosirea tentaculelor, prin aruncarea tancurilor sau a inamicilor si prin taierea lor in jumatate jucatorul isi poate face drum prin lumea jocului. Chiar si aparatele de zbor pot fi distruse acum, spre deosebire de primul joc.
In Prototype 2 James va fi singur, el neprimind ordine de la nimeni, ci alegand misiunile pe care vrea sa le faca de unul singur. James intra prin efractie in Blacknet, un sistem al Blackwatch care detine detalii cu privire la operatiunile militare si harti ale locatiei unor elemente importante pe care James le cauta. De aici, James isi alege operatiunile proprii care fie includ distrugerea unor sisteme, fie cooptarea lor spre beneficiul personal al lui James. El poate gasi si oameni importanti care stiu mai multe detalii despre proiectul Blacklight. James merge si in cautarea razbunarii, el umbland dupa informatii referitoare la locatia lui Alex Mercer, protagonistul jocului anterior, pentru ca pe el il considera acesta vinovat de moartea familiei sale. Unele misiuni pot fi luate de jucator numai daca acesta doreste sa stie mai multe despre povestea jocului, el nefiind obligat sa ia toate misiunile pe care le gaseste in timpul jocului.
Povestea Prototype 2 are loc la 14 luni dupa intamplarile din primul joc, Manhattan fiind acum un cartier blocat din New York si poarta numele de New York Zero. Zona verde, zona rosie si zona galbena sunt tot ce a mai ramas din vechiul oras american. Fiecare zona corespunde starii de infectie a virusului Blacklight din regiune. Zona rosie este casa lui Alex Mercer, aici virusul crescand si inmultindu-se fara limite, iar zona rosie este partea distrusa a Manhattanului. Zona galbena este o cocina locuita de saraci, insa virusul incepe sa se raspandeasca si aici incet. Zona verde este tot ce a mai ramas din New York fara a fi contaminata. In zona verde insa se afla multe personaje ale fundatiei Blackwatch. James are misiuni de indeplinit in fiecare zona, iar acestea cresc in dificultate in functie de zona
